शैवाल ईंधन या शैवाल जैव ईंधन प्राकृतिक स्रोत के रूप में इसका उपयोग किया जाता है। यह जीवाश्म ईंधन के लिए एक विकल्प है। कई कंपनी और सरकारी विभाग पूंजी और परिचालन लागत को कम करने के लिए इसके वित्तपोषण के प्रयास में लगा हुआ है। शैवाल ईंधन से बनाया गया जेट के लिए ईंधन। शैवाल प्रकाश संश्लेषण के माध्यम से वातावरण से कार्बन डाई आक्साइड को हटाने के साथ-साथ यह ऊर्जा संकट और विश्व खाद्य संकट को भी दूर करता है। इससे कृषि के लिए अनुपयुक्त भूमि का उपयोग जैव ईंधन बनाने के लिए किया जा सकता है। यह ताजा जल संसाधनो पर न्यूनतम प्रभाव के साथ उगाया जा सकता है। इसके अलावा इसमें खारा और अपशिष्ट जल का उपयोग कर भी उत्पादन किया जा सकता है। शैवाल की वजह से उच्च पूंजी और परिचालन लागत अन्य दूसरी पीढ़ी के जैव ईंधन फसलों की तुलना में इकाई द्रव्यमान प्रति अधिक लागत लगती है। उत्पादन में शैवाल बायोमास संगठन के प्रमुख के अनुसार, शैवाल ईंधन के द्वारा २०१८ तक तेल के कीमतों तक पहुँच सकते है। .